# Détecter les anomalies de structures

## Installation de Sniffles 2

Pour ce faire sniffles 2 doit avoir une version de Python supérieur ou égal à la 3.10. Afin de ne pas affecter nos autres programmes, nous allons créer un environnment virtuel pour installer Python dedans sans affecter nos autres outils.

### Installation de l'environnement virtuel

#### Installez les dépendances nécessaires :

```sh
sudo apt-get update
sudo apt-get install -y make build-essential libssl-dev zlib1g-dev \
libbz2-dev libreadline-dev libsqlite3-dev wget curl llvm \
libncurses5-dev libncursesw5-dev xz-utils tk-dev \
libffi-dev liblzma-dev python-openssl git
```

**Installez pyenv** :

```sh
curl https://pyenv.run | bash
```

**Ajoutez pyenv à votre shell** :

Ajoutez les lignes suivantes à votre fichier de configuration du shell (`~/.bashrc` pour `bash` ou `~/.zshrc` pour `zsh`) :

Pour `bash` :

```sh
echo 'export PATH="$HOME/.pyenv/bin:$PATH"' >> ~/.bashrc
echo 'eval "$(pyenv init --path)"' >> ~/.bashrc
echo 'eval "$(pyenv init -)"' >> ~/.bashrc
echo 'eval "$(pyenv virtualenv-init -)"' >> ~/.bashrc
```

Pour `zsh` :

```sh
echo 'export PATH="$HOME/.pyenv/bin:$PATH"' >> ~/.zshrc
echo 'eval "$(pyenv init --path)"' >> ~/.zshrc
echo 'eval "$(pyenv init -)"' >> ~/.zshrc
echo 'eval "$(pyenv virtualenv-init -)"' >> ~/.zshrc
```

**Recharger le fichier de configuration du shell** :

```sh
source ~/.bashrc
```

ou

```sh
source ~/.zshrc
```

**Installez pyenv-virtualenv** :

```sh
git clone https://github.com/pyenv/pyenv-virtualenv.git $(pyenv root)/plugins/pyenv-virtualenv
```

**Recharger de nouveau le shell pour s'assurer que toutes les configurations sont prises en compte** :

```shell
source ~/.bashrc
```

ou

```sh
source ~/.zshrc
```

### Installation de Python 3.10 et Création de l'Environnement Virtuel

**Installez Python 3.10** :

```sh
pyenv install 3.10.12
```

**Créez un environnement virtuel avec la nouvelle version de Python** :

```sh
pyenv virtualenv 3.10.12 sniffles-env
```

**Activez l'environnement virtuel** :

```sh
pyenv activate sniffles-env
```

### Installation de Sniffles 2 dans l'Environnement Virtuel

**Naviguez dans le répertoire cloné de Sniffles 2** :

```sh
cd path/to/Sniffles
```

**Installez Sniffles 2 en utilisant `setup.py`** :

```sh
pip install .
```

**Vérifiez l'installation** :

```sh
sniffles --version
```

### Exécution de Sniffles 2

```sh
sniffles --input alignments_sorted.bam --vcf output.vcf
```