Détecter les anomalies de structures

Installation de Sniffles 2

Pour ce faire sniffles 2 doit avoir une version de Python supérieur ou égal à la 3.10. Afin de ne pas affecter nos autres programmes, nous allons créer un environnment virtuel pour installer Python dedans sans affecter nos autres outils.

Installation de l'environnement virtuel

Installez les dépendances nécessaires :

sudo apt-get update
sudo apt-get install -y make build-essential libssl-dev zlib1g-dev \
libbz2-dev libreadline-dev libsqlite3-dev wget curl llvm \
libncurses5-dev libncursesw5-dev xz-utils tk-dev \
libffi-dev liblzma-dev python-openssl git

Installez pyenv :

curl https://pyenv.run | bash

Ajoutez pyenv à votre shell :

Ajoutez les lignes suivantes à votre fichier de configuration du shell (~/.bashrc pour bash ou ~/.zshrc pour zsh) :

Pour bash :

echo 'export PATH="$HOME/.pyenv/bin:$PATH"' >> ~/.bashrc
echo 'eval "$(pyenv init --path)"' >> ~/.bashrc
echo 'eval "$(pyenv init -)"' >> ~/.bashrc
echo 'eval "$(pyenv virtualenv-init -)"' >> ~/.bashrc

Pour zsh :

echo 'export PATH="$HOME/.pyenv/bin:$PATH"' >> ~/.zshrc
echo 'eval "$(pyenv init --path)"' >> ~/.zshrc
echo 'eval "$(pyenv init -)"' >> ~/.zshrc
echo 'eval "$(pyenv virtualenv-init -)"' >> ~/.zshrc

Recharger le fichier de configuration du shell :

source ~/.bashrc

ou

source ~/.zshrc

Installez pyenv-virtualenv :

git clone https://github.com/pyenv/pyenv-virtualenv.git $(pyenv root)/plugins/pyenv-virtualenv

Recharger de nouveau le shell pour s'assurer que toutes les configurations sont prises en compte :

source ~/.bashrc

ou

source ~/.zshrc

Installation de Python 3.10 et Création de l'Environnement Virtuel

Installez Python 3.10 :

pyenv install 3.10.12

Créez un environnement virtuel avec la nouvelle version de Python :

pyenv virtualenv 3.10.12 sniffles-env

Activez l'environnement virtuel :

pyenv activate sniffles-env

Installation de Sniffles 2 dans l'Environnement Virtuel

Naviguez dans le répertoire cloné de Sniffles 2 :

cd path/to/Sniffles

Installez Sniffles 2 en utilisant setup.py :

pip install .

Vérifiez l'installation :

sniffles --version

Exécution de Sniffles 2

sniffles --input alignments_sorted.bam --vcf output.vcf