Lexique autour de Nanopore

Ce lexique étendu couvre un éventail plus large de technologies et de composants associés au séquençage par Nanopore, vous offrant une compréhension complète des outils et terminologies utilisés dans cette technologie de séquençage de pointe.

Hardware

• MinION

  • Un dispositif de séquençage par nanopore portable développé par Oxford Nanopore Technologies, conçu pour un usage flexible et mobile.

• GridION

  • Un système de séquençage de bureau capable de fonctionner avec plusieurs flow cells en parallèle, offrant une capacité de séquençage adaptable pour les laboratoires.

• PromethION

  • Un séquenceur de haut débit qui peut fonctionner avec jusqu'à 48 flow cells simultanément, destiné aux laboratoires nécessitant un débit élevé.

• Flongle

  • Un adaptateur pour les systèmes de séquençage par Nanopore permettant des runs de séquençage à faible coût et à petit débit grâce à des flow cells jetables.

• Flow Cell

  • Un dispositif jetable contenant des nanopores intégrés dans une membrane synthétique, essentiel pour le séquençage par Nanopore.

• Nanopore

  • Un nanopore est un petit trou, de taille nanométrique, utilisé comme un capteur moléculaire pour le séquençage de l'ADN et de l'ARN. Les molécules biologiques passent à travers le nanopore et modifient un courant électrique qui est mesuré pour identifier la séquence.

Software

1. MinKNOW

   • Logiciel de contrôle pour les dispositifs de séquençage par Nanopore, qui gère la collecte des données, le contrôle de l'appareil, et le basecalling initial.

2. Guppy

   • Un basecaller puissant utilisé pour convertir les signaux électriques en séquences de bases à partir des fichiers de données brutes.

Formats de Fichiers et Processus

1. POD5

   • Format de fichier récent incluant les données brutes de séquençage et les métadonnées, offrant une efficacité de stockage et de traitement améliorée.

2. FAST5

   • Format de fichier basé sur HDF5, utilisé pour stocker les données brutes de séquençage et les métadonnées. Il est progressivement remplacé par le format POD5.

3. FASTQ

   • Format de fichier qui stocke les séquences de nucléotides et une qualité de séquence correspondante pour chaque base, utilisé pour les analyses post-basecalling.

4. SAM/BAM

   • Formats de fichier en bioinformatique; SAM (Sequence Alignment/Map format) est un format texte qui stocke des alignements de séquences, tandis que BAM est la version binaire de SAM.

Outils et Utilitaires

1. Dorado

   • Un outil de basecalling pour les données Nanopore, utilisé pour générer des fichiers FASTQ à partir des fichiers POD5.

2. Minimap2

   • Logiciel d'alignement rapide pour les longues lectures, qui permet de mapper les séquences de nucléotides contre une référence génomique.

3. Samtools

   • Utilitaire pour manipuler les formats de fichiers alignés comme SAM et BAM, permettant l'indexation, la visualisation et la manipulation des séquences mappées.

4. FastQC

   • Outil d'analyse de la qualité pour les données de séquençage, utilisé pour évaluer la qualité des données contenues dans les fichiers FASTQ.

5. Basecalling

   • Processus par lequel les signaux électriques mesurés sont convertis en séquences de bases nucléotidiques.