Rapport de stage
Carte Mentale
Application
- Aplication python
- Application WEB
Lexique autour de Nanopore
Les différents fichiers et leur chronologie
- Types de Fichiers dans le Séquençage par Nanopore
  BAM TO FASTQ
  FA TO MMI
  FASTQ TO SAM/BAM
  SAM TO BAM
  Tri et Indexation du BAM
Basecalling avec Dorado
- BaseCalling Dorado + Demultiplexage
  Quel qscore ?
  Résultats
Création d'un VCF
Merge BAM
Méthylation
Filtrage des reads selon les régions d'intérêt
Filtrage des reads selon leur longueur
Filtrage des reads selon le phred quality d'une position génomique
Détecter les anomalies de structures
Calculer la moyenne des reads des cibles

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Basecalling avec Dorado

BaseCalling Dorado + Demultiplexage

Résultats

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Last updated 5 months ago

Comparaison entre HAC et SupAC du Barecode 23 sur un rapid barecoding de fongle avec un Qscore de 17

Le basecalling en HAC dure environ 5min et le basecalling en SupAC dure environ 1H

Résultat diff Qscore.xlsx