Tri et Indexation du BAM

Tri et Indexation du BAM grâce à la création d'un BAI en utilisant samtools

$ samtools sort /path/to/aligned.bam -o /path/to/sorted_aligned.bam

Le tri organise les lectures alignées par leur position chromosomique dans le génome.

---

$ samtools index /path/to/sorted_aligned.bam

L'indexation permet un accès rapide à des régions spécifiques du fichier BAM trié.

---

Ces étapes facilitent les analyses ultérieures et améliorent les performances lors de l'accès aux données d'alignement.