BAM TO FASTQ

Extraction des Lectures en FASTQ grâce à samtools

$ samtools fastq /path/to/input.bam > /path/to/output.fastq

Cette commande convertit les données de séquençage stockées dans un fichier BAM en un fichier FASTQ. Le fichier FASTQ contiendra les séquences de nucléotides et les scores de qualité associés à chaque base

Le format FASTQ est nécessaire pour l'étape d'alignement, car il est le format standard utilisé par la plupart des outils d'alignement pour lire les séquences.